Разница в понимании, πιπεριά будет больше пониматься как блюдо или как вид растения , вообще, а не отдельным овощем.

Для настроения τα λεμόνια - η λεμονιά
τα πορτοκάλια - η πορτοκαλιά
τα βύσσινα - η βυσσινιά

С перцами не всё так однозначно, как с лимонами.
Хорошего рабочего дня!