Так исторически сложилось. Вряд ли стОит искать логичный ответ на вопрос «почему». Η Λεμεσός, η Πάφος, η Βηρυτός (Бейрут), η Ιερουσαλήμ (Иерусалим) - женского рода. Η Κύπρος, η Αίγυπτος, η Μεσόγειος (Средиземноморье) - тоже. Названия большинства греческих островов заканчиваются на -ός, но женского рода: η Μύκονος, η Ρόδος, η Ζάκυνθος
κτλ. Попытка найти логичное объяснение похвальна, но едва ли успешна. Просто так сложилось