Вы оказались абсолютно правы, ответ таможни ровно такой и есть - платите ВАТ и трясите с продавца, он не оформил документы должным образом - "In your case, the sender had not registered the IOSS number and therefore you have been charged VAT on import."

Чтд. И € 3.50 вам скорее всего не вернут, только тот ват, что взяли при покупке.
Но можно написать продавцу, вдруг он не захочет портить свою репутацию и сам эти 3.50 возместит.