90 дней отсутствия отсчитываются от даты вылета с Кипра, при условии, что получен ресит. Если ресит не получен, то по сути и нет подачи на ВНЖ.
Более того, после получения ресита в течении 2х недель в любой будний день, без аппоинтмента в порядке общей очереди, надо сдать биометрию в мигрейшене (это быстро, если утром рано приехать, то уже через час свободен). И вот после этого уже спокойно вылетать, и вернуться на Кипр не позднее 90 дней после вылета (это прямо написано на штампе ресита).

Если в распоряжнии такой длинный период, то проще снимать с банкомата каждый день сумму дневного лимита (в BoС 2к в день выдаёт. Хеленик может по звонку увеличить лимит снятия в банкомате, к примеру до 5тыс).