Это, конечно, очень странно. Получается супругу придется еще ждать 3 года до подачи, потом еще года 3+ будет рассматриваться.

Если верно помню. То выезд и въезд в тот же день считается днем на Кипре. Вьезд+выезд днем вне Кипра.
Вероятно должны быть такие же правила.

А он подавался именно как БКС-депендант? То есть, например, 5 лет+А2?

Не по собственным годам проживания и прочему?

Интересно, в этой ситуации, нужно ли первому супругу продолжать работать в БКС компании и соответствовать всем требованиям по зп и пр?
Он-то по идее уже киприот и может работать где угодно. Хоть свой бизнес или ИП открывать.