Тут на мой взгляд ничего нового. Просто более юридическое описание, чем обычно привыкли.
Есть обычное понимание Шенген и не Шенген, но юридически есть три варианта:
1. Страна в отношении которой шенгенское соглашение действует полностью (Member states applying the Schengen acquis in full)
2. Страна в отношении которой шенгенское соглашение действует ограниченно (Member States not fully applying the Schengen acquis).
3. Не страна Шенгена.

Кипр как и другие страны проходят процесс одинаково:
1. При присоединении к ЕС, Кипр одновременно присоединился к Шенгенскому соглашению. Это часть соглашения о вступлении в ЕС.
2. Соглашением о присоединении к ЕС определялись много переходных моментов.
3. Один из моментов действие шенгенского соглашения, которое в отношении Кипра (а так же других стран вошедших в ЕС одновременно с Кипром) выполняется не полностью.
4. Полное действие должно оформляться отдельным решением. Такое решение недавно принято в отношении Болгарии и Румынии. Ранее они тоже не полностью применяли Шенген.

Так что тут не произошло ничего нового, к сожалению.