В общем случае да. Есть ряд случаев когда вы можете доказать что это представительство на/в Украине (если есть физический офис, есть персонал который там работает помимо частного предпринммателя, и т.д.), и не платить налоги на Кипре.
Но эти нюансы лучше обсуждать с налоговыми экспертами по Кипру.