Автоматически ВНЖ ввиду отсутствия >90 дней не аннулируется, этот процесс должен быть инициирован кем-то вручную, обычно сотрудником погранконтроля при въезде после длительного отсутствия. Но, поскольку это Кипр, на практике бывает по-разному)