Не автоматически - аннуляцию ВНЖ должен кто-то в ручном режиме инициировать. В теории, это должен сделать пограничник при попытке въезда с нарушением сроков, но на практике на это нередко закрывают глаза. У меня тоже есть примеры знакомых, отсутствовавших на Кипре дольше положенного и благополучно сохранивших свой ВНЖ.

Запасной план был - въехать как «турист» по шенгену и переподаваться на ВНЖ, но не потребовалось