Думаю, что причина отказа - возможные иммиграционные намерения, а не туризм.

Была похожая ситуация когда-то давно. В консульстве аннулировали предыдущую визу и выдали новую. Вроде только такой алгоритм.
Но немного злились )

Немного странно. Я получал blue card и одним из основных услових была ЗП не менее 1,5 от средней.

На сайтах консульств и миграционных служб.

В отличии от обычного «рабочего» ВНЖ Вам придется подтвердить квалификацию. Как правило, нострифицировать диплом. Раньше с этим проблем не было. Как сейчас не знаю. Но запросто могут быть.
В стране где я живу сейчас даже школьные российские аттестаты не признают, заставляют сдать экзамены.

Не на чем.
Особых преимуществ blue card не дает. Мне они , по крайней мере, не понадобились.

Это какая-то ошибка или опечатка. ЗП должна быть не менее определенного уровня. Обычно не менее 1,5 от средней.
Получал blue card 7 лет назад ( в другой стране ),