Определенная логика все же есть. Минфин рассматривает ситуацию с точки зрения налогообложения: есть статус налогового резидента - облагаем НДФЛ, нет - не облагаем, отчитываейтесь по законодательству страны налогового резидентства. Роструд - с точки зрения трудового законодательства, а именно статьи 57 ТК РФ. В своих разъяснениях они указывют, что ТК действует только на территории РФ, соответственно, на лиц, работающих за ее пределами данное законодательство не распространяется и трудовые отношения не возможны, поэтому рекомендуется использовать ГПХ, а не трудовой договор. А дьявол, как обычно, в мелочах - правоприменительной практике: если ФНС видит выплату физику, не облагаемую НДФЛ, она требует основание для выплаты (трудовой договор с указанием места работы за пределами РФ) и подтверждение статуса нерезидента (паспорт с отметками вылета). Если в трудовом договоре не указано место работы - считают нарушением трудового законодательства (опять же статья 57 ТК), в рамках "межведомственного взаимодействия" сообщают коллегам из трудинспекции, которые с удовольствием отправляются за штрафами за нарушения трудового законодательства. А дальше в рамках проверки находят, что "удаленщик" не расписался в графике отпусков и прочее. Именно по этим причинам работодатели пытаются перевести заграничных "удаленщиков" на ГПХ.
Скорее всего этот запрет создан специально для компаний, сворачивающих свою деятельность в РФ. Условно, чтобы не вывезли обратно нереализованные остатки со складов и магазинов