Вероятно, когда-то давно у слов была общая база в религиозном понимании _(секрет=)тайна-таинство_, но потом значения разошлись. В русском языке сегодня _секрет, тайна_ это просто то, о чем не говорят всем, что скрывают. А в слове _мистика_ значение "что-то сверхъестественное, необъяснимое" (магия, волшебство, привидения и другие загадочные существа) мне кажется, преобладает над значением "божественное"
Жанр фэнтези вырос из мистики)
Где-то между "секретом" и "мистикой" есть "мистерия"