Вообще оплата за 3-е лицо запрещена в Револют...
Но по мне так можно если в договоре так указано...

Это особенный случай, никакого отношения не имеющий к обычным туристическим визам и другим последствиям. Полиция порта могла все правильно отметить в системе и надо у них спрашивать текущий статус.
Судно было пришвартлвано или ходили за границу Кипра с записью в crew list?

Тогда хуже, но все равно к портовской полиции.