если ребенок резидент Кипра = есть внж, то необходимо согласие нотариальное с переводом на англиский/греческий или согласие заверенное мухтарисом или certifying officer.
предъявляется при прохождении паспортного контроля на Кипре.

согласие от двух родителей. также пограничники могут звонить родителям и уточнять данные для проверки.

нет проблем лететь, нужен только верный пакет документов с собой.
пусть отец сделает согласие и передаст на Кипр оригинал.

также проверяйте у авиакомпании с какого возраста разрешают лететь самостоятельно.