Нет, не должна. Но лучше в инвойсе отдельной строкой указать: “Zero-rated supply – Services supplied to non-EU customer”

Обычно правообладатель не может выбирать юрисдикцию нахождения приобретателя интеллектуальной собственности / лицензиата. Кто готов покупать, тому и продают. Но если абстрагироваться от этого, то для кипрской компании проще получать роялти из стран, не входящих в ЕС, тогда не надо становиться на учёт по VIES и подавать соответствующую отчётность. Но я бы не утверждал, что это обременение настоль серьёзно и дорого, чтобы отказываться от платежей роялти из стран Евросоюза. Если же ситуация такова, что Вы можете / заинтересованы сами строить какую-то холдинговую структуру, в которой будут компании правообладатели и приобретатели / лицензиары, то в таком случае надо учитывать несколько важных факторов. Сугубо индивидуально.