В случае проблем настойчиво просите связаться с кипрским аэропортом / позвать менеджера если отказывают. Один раз я был свидетелем подобного, но там все было еще сложнее. Чувак потерял карточку ВНЖ в другой стране. В паспорте у него был недавний вылет с Кипра, а в телефоне было фото ВНЖ. Долго пререкались, но разрулили в итоге, позвонили в Ларнаку и те подтвердили, что все ОК.
Причем, он как-то смог зарегистрироваться на рейс, а остановили его пограничники. Мне пришлось им переводить в обе стороны потому что у него с английским совсем плохо.
На Кипре не будет проблем, они все равно смотрят в базу.