В вашем случае посчитают по наименьшему лимиту.
Когда подадитесь на vat сертификат, налоговая всё рассчитает и отразит в сертификате

Первый вариант - либо сразу заплатить полные, затем подавать на вычет - но возврат можно долго ждать, зная налоговую.
Второй вариант - договориться с застройщиком, внести частичную предоплату (на эту сумму будет обычный vat 19%), с этим платежом подаваться на vat сертификат (там в требованиях есть подтверждение платежа) - и после получения сертификата застройщик сформирует полный инвойс, по которому оплатите остаток суммы и остаток общего vat.

Например, апарты стоят 380k - вы платите 15k reservation fee (15k+2850 VAT (19%)). Подаётесь на сертификат, вам считают, что у вас 340k под 5% (17k vat), и 40k под 19% (7,6k vat)
И застройщик выставляет вам инвойс на 380000 - 15000 (предоплата) + VAT (17000+7600-2850).
Застройщики всё знают как правило, сами предлагают варианты - кто-то и с сертификатом поможет, но если за доп. плату, то не стоит - там самому онлайн податься элементарно, если все доки есть.