Авиакомпания не сажает на рейс? Просите старшего, и уже его просите связаться с Ларнакой.

Авиакомпания должна быть уверена, что вас пустят на Кипре, иначе им везти вас обратно (куда?) плюс платить штраф иммиграционным властям Кипра.
Египетским пограничникам до вашего кипрского ВНЖ нет никакого дела.