Черногория, например. У Кипра с Чернонорией (Югославией на самом деле) есть DTT, и налог с дохода компании платится по месту регистрации компании. Если компания зарегана в Чернонории, но еще и ведет деятельность на Кипре, такой доход может облагаться налогом на Кипре, но по ставке не больше, чем ставка по месту регистрации.

А что входит в понятие "управление с Кипра"? Например, у компании (реальный) офис в Черногории, документация вся там же (на черногорском), бухгалтер там же. Но директор - налоговый резидент Кипра. И он 1-2-3 раза в год летает в Черногорию. Компания на Кипре деятельность не ведет. Это управление с Кипра? Или это про владение (когда черногорской компанией владеет кипрская)?

Дело в том, что компания, зареганная и ведущая деятельность в Черногории, не может не платить income tax именно в Черногории (она не может стать "нерезидентом").