Вас добавят в стоп лист и чтобы оттуда вас убрали- вы заплатите юристам. На сколько добавят- не известно. Будет это касаться только Кипра или и остальных стран ЕС- никто гарантии не даст. Как долго будут «доставать» и за сколько денег- тоже никто не скажет.
Самое лучшее- отменить поездку. Даже если отпуск, свадьба, наследство и прочее. И подаваться сейчас как минимум, как визитеры. Получить ресипт и вылетать/возвращаться по нему.

Обращаться к юристу, описывать кейс, поднимать историю и решать этот вопрос с ним. Надо легализовываться, так как с каждым днём ситуация усугубляется

Обратитесь еще к пяти.
Про беременность и «не смогли» тут никого не разжалобит, есть сроки, есть обязательства, есть закон. Ваша виза -ваша ответственность, а не работодателя. Понадеялись- осознавали риски, но приняли их.
Тут с грудничками и депортируют успешно и разделяют супругов.
Сейчас выглядит история сильно не в вашу сторону. «Мы думали, мы понадеялись, нас обманули, ребенок на руках- памагите.»
Ситуация сложная, легче не станет. Или слушайте своего адвоката или обратитесь за деньги на консультацию к другим и после принимайте решение. Каждый кейс уникален, а повлиять на него могут данные, которых вы не упоминали. Собирайте ресипты, трудовые договора, пейслипы. Если бы вы обратились будучи на сносях за помощью к юристу- было бы проще и срок нарушения в разы меньше.