прием в гражданство РФ ребенка, если у него один/оба родителя граждане РФ делается легко, так что я бы посмотрела условия по литовскому гражданству и его первым оформляла.

у вас отсутствуют важная информация в сообщениях: ребенок уже родился? где вы будете рожать, если нет? оформлять свидетельство о рождении будете кипрское, если рожаете здесь?

на Кипре делается запись в реестр (назовем его так) и выписки из него (дубликатов) о рождении например можно получать хоть каждый день. они все действительные будут :)

вот вам и нужно оценить как будете оформлять литовское гражданство. потому что РФ гражданство при родах и тут, и в мск будет легко совсем. но при родах в мск у ребенка будет железно свидетельство о рождении российское.

решить нужно вам :) на основании оценки прочитанных процедур оформления гражданств этих )))
я бы делала так:
1 литовское
2 РФ
но это я и я не знаю подробности оформления литовского :)

ну два СОР это не кошерно все-таки ))))