Скорее всего, произошло следующее.
Что за выдачу нового ARC (что почему-то сделали, если ваш вновь выданный ARC действительно с новым номером), что за выписку дубликата старого ARC (что, по идее, должны были сделать) с вас взяли сбор 70 евро. И вот на этот сбор вам выписали Receipt. Визовый штамп на Receipt, скорее всего, тиснули "на автопилоте", не гладя - ну повезло, бывает, рад за вас.
Собственно, влететь вы, скорее всего, влетите - на регистрации вас по штампу посадят на рейс, а пограничники по прилёту вас по номеру ARC в системе найдут.
Но вам абсолютно правильно сказали: если у вас в системе 2 ARC и 2 файла - это может привести к проблемам в будущем.

Да вы сами можете это сделать, сверив номера старого и нового ARC (05xxxxxxxx) и файлов (A21-12345) с реситов.

Добавлю для статистики / ради академического интереса.
В случае, если субъект регистрировался и получал ARC, скажем, с российским паспортом, а затем получал европейский паспорт, меняли ВНЖ с MVIS (например) на MEU1. При этом номер файла может измениться (например, с A21-xxxxx на E23-xxxxx), но номер ARC всегда оставался прежним.

Лимассольские в таком случае придерживаются мнения, что 24 тыс., и в зачёт этой суммы для подачи при смене статуса с BCS на Visitor может быть зачтена зарплата из BCS за год, предшествующий подаче. И при этом не требуют повторно ни Criminal Record, ни меданализы.

Логично.

Нет, если вводные не меняются принципиально, как в приведённом выше примере с 3CN на EU.
И даже, например, при смене MVIS на MEU2 номер файла остаётся прежним (что логично, гражданство же не меняется при этом).