Можете пояснить смысл этого?

Если Вы, когда открывали счёт в кипрском банке, являлись резидентом России, то кипрский банк это отметил в своей базе и, когда пришла пора, через кипрскую налоговую сообщил о Вашем счёте российской налоговой. И если Вы в то время, пока были российским резидентом, не уведомили российскую налоговую о наличии счёта за рубежом, то российский закон был нарушен. Придётся за это отвечать…

В таком случае надо направить налоговой ответ с изложением Ваших аргументов. Такие письма - нормальная практика.

Я не знаю о наличии какого-то официального российского документа, в котором было бы прописано требования ежегодно уведомлять о том, что российский гражданин не является резидентом в конкретном году. Думаю, что достаточно раз уведомить об этом в ответ на письмо налоговой. Если через год поступит новое письмо - ответьте снова, соответственно обстоятельств. Вежливо и по сути вопроса. В любом случае у Вас, как у налогового нерезидента, не проживающего в России, отсутствуют какие-то обязательства, и если российская налоговая на основании отсутствия у неё адекватной информации посчитала иначе, то её мнение и требования к Вам безосновательны и не несут каких-то правовых последствий в отношении Вас. Но если хотите ежегодно посылать письма в налоговую - никто это не запретит.

Можно заказать у кипрской налоговой сертификат налогового резидентства. Переслать его скан в российскую налоговую. И в сопроводительном письме написать о том, что требование ежегодного предоставления подтверждений налогового резидентства незаконно, излишне и противоречит разъяснениям российского Минфина (были такие разъяснения, правда не по физикам, а юрлицам, но суть от этого не меняется).