Платить надо на Кипре, если вы тут 183+ дня. Если в Молдове трудойстройство и какие-то налоги у вас заберут там - пытаться их вычесть на Кипре, если есть соглашение об избежании двойных налогов. Теоретически, работодатель в Молдове должен нанять вас как контрактора, а не по трудовому договору. и тогда он не платит, по идее.
Если серьезно, то это просто французская инициатива, на уровне ЕС она не вводилась. Где-то существуют в силу местных деловых традиций аналогичные вещи, но на Кипре ничего такого в явном виде нет. Все определяется вашим контрактом.