Скорее всего да, но нужно больше данных. По какому правилу изначально получили 50% скидку (23 или 23А), были ли когда-нибудь резидентом Кипра до трудоустройства, сохраняется ли на новой работе уровень ЗП под соответствующее правило.

мне 5 рабочих дней в Никосии делали в апреле

По закону первый и второй платеж должны быть равными. Если ошибка в оценке temporary income менее 25% от суммы фактического дохода, то никаких санкций не предусмотрено, платим второй платеж равный первому, а по итогу доплачиваем разницу вместе с декларацией в следующем году. Если есть понимание, что разница большая, чтобы избежать additional tax - можно подать уточненные сведения до конца года. Но тогда начислят проценты в размере 1,75% годовых (рассчитываются помесячно) на сумму, "недоплаченную" в ходе первого платежа.

За переплату штрафов точно не будет. По идее - да, нужно снова подать уточненные данные. Как подаются не подскажу, пока с этим не разбиралась.