Налоговый вычет действует на облагаемый налогом рабочий доход от работодателя - зарплату и бонусы. Рассчитывать его должна бухгалтерия, и платить на руки уже с учетом вычета с первого месяца. Если условия для вычета образовались позднее, то при подаче годовой декларации надо указать всё и дать номер счёта для возврата. Но это очень долго, мой бывший коллега уже успел уволиться и уехать, и всё ждёт уже который год. Лучше через бухгалтерию.

Вычет не связан с декларацией. Вычет применяется при расчёте зп. В декларации есть возможность указать вычет и получить возврат, если бухгалтерия не сделала этого.