Что Вы имеете ввиду под виртуальным зданием? :) Если бухгалтер решил, что это дизайн здания (недвижимости) на Кипре, то исходя из этого НДС и начислился. Если это на самом деле услуги дизайна, которые никакого отношения к недвижимости на Кипре не имеют - Кипрского НДС начислять не нужно. Нужно объяснить бухгалтеру, что услуги не имеют отношения к недвижимости на Кипре :)

Имеет значение клиент компания или физ лицо и, как Вадич правильно сказал, где они. В этом случае компания вне Кипра

Пожалуйста :) Бухгалтер мог Вас не так понять ;)