Если у вас доходы не с территории Кипра, или вы индивидуальный предприниматель на Кипре, то платите сами. Те, кто на з/пл, за них ежемесячно работодатель кипрский платит и считает.
Логика в том, что 30.06 вы уже знаете ваш доход за пол года = можете предвидеть доход годовой, уплатить 1 взнос.