Если вы работаете на российскую компанию, смело подавайтесь

И так и так нормально. А Вы их спросите, почему, и нам расскажете)

Но наиболее распространенный вариант, когда с российского сами переводите.

Туманный ответ конечно) все нормально с дистанционной работой на зарубежные компании, также может быть сервисный договор с иностранной компанией.

Наверное они исходят из того, что можно расценить с налоговой точки зрения как постоянное представительство российской компании. Но миграц орган в такие налоговые дебри не лезет.

Постоянное представительство предполагает регистрацию и создание юридического представительства.

Можно придумать очень просто но не очень красиво)

Прайсы пекутся о риске возникновения permanent establishment скорее всего, а не о прямом миграционном риске

Ну это очень непонятное обьяснение. Я бы расспросила, как именно связан характер дохода во время проживание на Кипре и были ли отказы на таком основании.

Те вы решили оставить Вас работником на Кипре в кипрской компании? Ну да к таким это наиболее прозрачный случай для получения паспорта. Хотя и визиторам дают гражданство. Может быть они из других обстоятельств так советовали.

Все равно причина до конца не ясна. Что значит из-за паспорта

Для мигрейшн важно что деньги приходят из-за границы из внешних банков от некипрского источника - все) подход поверхностный. Какие налоговые последствия могут возникнуть их не волнует. Пока так

И каких именно источников их тоже не волнует

Нет должен быть счет в кипрском банке

Можно конечно весь капитал не переводить на кипрский счет. Но чем более понятны Вы и Ваши доходы при рассмотрении, тем лучше. Вас могут и на интервью расспросить про источники доходов, какие и сколько, и всегда лучше приложить более родную и понятную им выписку из кипрского банка с регулярными достаточными поступлениями.

Можно и придется это делать в течение 5 или 7 лет до подачи на ф или гражданство.

Вы спрашивали про подачу на Ф или гражданство. Когда получите, то можете уже не переводить)

Те Вы на гражданство будете подавать. Раз Вы уже не переводили имея визу Ф в течение 8 лет, а пользовались российским банком приезжая на время, то уже что говорить тогда, уже как есть. Сумма денег в таком случае уже не так важна на кипрском счете, перекиньте любую сумму, например 20 тысяч, чтобы она была) В вашем случае Вам надо будет показать, что Вам действительно нужен кипрский паспорт и Вы приросли к Кипру и собираетесь здесь жить до конца дней, образно.