С европейским паспортом пожалуйста, летите, с гражданством третьей страны - вы будете числиться находящейся в Республике Кипр, счетчик пребывания будет тикать, я о превышении срока пребывания по провизе или виду на жительства. И даже без превышения срока пребывания - вернуться легальным путем вы не сможете без отметки о вылете из Ларнаки/Пафоса

С кипрским паспортом никаких репрессий и прочего быть не может)

Только если на гражданство надумаете подавать, может всплыть незаконное пересечение