Да не септика, а абсорбера, скорее всего.

Возможно ли заключить дополнительный договор, где описано, что архитектор получает % от расчётной стоимости проекта, а не фактической?

Да и с любыми отклонениями так. Если в договоре нет ничего ограничивающего архитектора от переделки всего и вся, то может быть допник на "любые отклонения проекта от сметы согласуются с заказчиком в письменном виде с составлением новой общей сметы". Да что угодно может быть, включая инспекцию третьими лицами - есть отдельные люди, которые специализируются на сравнении выставленных цен с объективными. Что, условно, мешок жижи стоит именно 5 евро, а не 8, что работа по распределению этой жижи стоит 50 в день, а не 80, что этой жижи на дом надо 15 мешков в день, а не 30, и в общем надо 3 дня, а не 5.
При таком подходе останется очень мало места для откатов кому угодно.