Не знаю, не сталкивалась. Если его не поливать "по расписанию", а поливать, когда земля совсем высохла (прямо совсем, чуть ли не до дна), то он не убиваем.
Заливом можно что угодно убить.

А они у вас умерли или вы просто так выкопали?

Ну могут быть нематоды.

Марина, ну я бы не стала писать это слово, если бы не была уверена хотя бы на 90%, правда)) Попробуйте гуглить не "нематоды", а "нематоды на томате", например.