у меня так было просто потому что земля рыхлая и провалилось между корнями дерева
но прошареный сосед киприот говорил,что такие дырки делает определенный вид пчел, они так яйца откладывают, расфигачивают кусок земли, складируют и сваливают, периодически прилетают ранним утром проверить,можно понаблюдать

вы можете туда засунуть палочку от кебаба или которую для цветов ставят подпорку, если глубоко, то это либо пчелы,либо грызун, но если пчелы,мне говорили забить, они не несут вреда саду и на человека не нападают, свалят сами после вылупления