У меня большое дерево. Я периодически срезала паросль с прекорневой зоны. Если сможете, подождите месяц-полтора. Когда для дерева наступит сезон «зимы». Весной он распушится в месте среза. Поэтому подумайте насколько коротко вы хотите место разветвления.

Я бы отрезала на сантиметров 10 выше последнего ответвления, но можете так, как вам больше нравится.
По поводу полива я вам не подскажу, ибо мой лимон растет в открытом глинистом грунте, где очень хорошо держится влага.

Если вы хотите сформировать красивую шапочку с него, то обрежьте все верхние точки у разветвлений. Тогда он красивенько начнет формировать боковые веточки.