В законе написано, что до 90 дней отсутствия для высококвалифицированных работников (BCS) и их супругов, не считается отсутствием.

Только BCS и их супруги могут подаваться по фаст трек, заплатив 5000

Да. Все это написано в законе.

https://www.gov.cy/moi/en/information-regarding-the-application-for-obtaining-cypriot-citizenship-by-naturalization/ Information Regarding the Application for Obtaining Cypriot Citizenship by Naturalization - Ministry of Interior - Gov.cy

Надо набрать за 10 лет 3-4 года, но 12 месяцев (1 год) до даты подачи обязательно надо быть на Кипре. Отсюда и есть 4-5 лет.
Т.е. вы можете на протяжении 10 лет набирать нужное количество лет 3-4, но последний год обязательно надо быть на Кипре.
Но недавно еще ввели поправку, что обязательно перед подачей, чтобы рабочая виза была непрерывна 2 года перед датой подачи.

Но это все лучше в визовом чате почитать в закрепе, много раз уже писали все.

А какая причина отказа?

Т.е. он набрал 3/4 года + 12 месяцев, но уезжал не более чем на 90 дней за это время (как по закону), и ему отказ, что не хватило дней?