этимологический словарь пишет, что слово выросло из "гнать, вести", и в медицинском смысле агония это как раз активизация организма в попытке сохранить угасающую жизнедеятельность

возможно, эмоциональное значение появилось как раз позже через литературу. метонимия

я в wiktionary смотрю )