Я так летел на Кипр через Грецию, шенгена у меня не было но поскольку билет считался единым(одна авиакомпания) то прошло все без проблем, если вы брали не два разных билета а один и у вас нет необходимости выходить в город для трансфера то проблем возникнуть не должно.