Вам лучше посоветоваться с врачом, начать можно со своего терапевта. Если вы только начали бегать, то боль в колене вполне возможна от техники, неподходящих кроссовок, слишком высоких нагрузок для начала и т.д. Также полезно пообщаться с опытными бегунами, а лучше с тренером.