Вроде бы актуальный статус такой: если суммарное отсутствие за год меньше полугода, как в вашем примере 90 дней плюс 2 недели, то в зачёт на гражданство fast track пойдёт год за вычетом 2 недель (то есть 90 дней отсутствия прощают). Если за год суммарное отсутствие 180+ дней, то учитываются в зачёт только дни присутствия.
Но эту норму уже двигали и могут наверное подвинуть ещё, так что имеет смысл всё на момент подачи узнавать и проверять 🤷‍♀