Я впервые въехал на Кипр 18 января 2023 г., а первый receipt от 19 апреля 2023 года. Формально есть разрыв в 1 день - 18 апреля(по визе 90 дней заканчивается 17.04.2023). С этого момента я непрерывно проживаю и работаю на Кипре. Никаких разрывов после 19.04.2023 не было.

Может ли этот 1-дневный разрыв повлиять на право получения гражданства по fast track, если подаваться с В1 в мае 2027?

Да, я их не считаю, но формально есть разрыв в 1 день от конца этой визы и датой ресипта. Вот и думаю про это нелегальное проживание