В случае с компанией в Никосии я лично относил печатную форму с запросом о предоставлении сертификата в центральный Tax Department.
Бросал заполненную форму в ящик для комнаий, и примерно через три недели приходил с вопросом о готовности. Его делают долго, надо иметь в виду примерно месяц как минимум.
Сертификат выдается только после проверки что аудит по компании за прошлый год сдан, и все налоги за прошлые периоды уплачены. Если в ходе проверки не находят аудита - просто отказывают в выдаче, мол сдадите и приходите.
Если находят неуплаченные налоги, то сразу предлагают оплатить.
Сертификат стоит 80е, марку нужно купить здесь же в кассе. Можно купить заранее, а можно по подтверждению готовности сертификата.