У меня произошла как раз обратная ситуация. Бухгалтер в компании считал налоги по скидке 50% потому что релопакет тоже посчитали как часть зарплаты (премиальную).

В итоге в середине года случилось сокращение, и получается я остался должен налогов, так как доход не превысил необходимый порог

100%, лучше узнать что тебе потом ещё денег вернут, чем что ты должен назад то, на что уже рассчитывал