если очень коротко, то являетесь вы плательщиком VAT или нет вообще не важно. вы приобретаете услугу у компании, которая является плательщиком VAT, поэтому должны будете оплатить полную сумму, с налогом. в вашем случае то, что ваша компания не является плательщиком VAT, влияет только на то, что зачесть этот налог вы не сможете.
как пример, вы когда в магазине покупаете как физическое лицо, не являющееся плательщиком VAT, то тоже платите VAT в сумме продажи товара. изучите чеки, которые получаете на руки.