У налоговой пока нет прямого доступа к базе погранслужбы, поэтому пока самостоятельно не засветите статус нерезидента, или не произойдет что-то из ряда вон - они знать не будут. Мне, например, пришел штраф за КИК, поэтому пришлось отправлять документы, подтверждающие смену статуса. Есть примеры, когда люди годами платят в России налоги как резиденты.