Так подавалась как супруга со статусом FR. Что потом... главное, что продолжает находиться легально, разве не так?

На момент подачи вы были в статусе FR и выполнили все необходимые требования, "чтобы соответствовать". Далее главное - не прерывать легального (точнее, не допускать нелегального) нахождения. "По-моему, так".

Со статусом FR работать вообще не обязательно. И это не мешает подаваться совместно с супругом - основным заявителем.

Ну, с визиторов тоже гражданство получают :)

If applicable - так и предоставляли.
Знаю лично уникальный кейс: заявитель на момент собеседования проживал на Кипре легально почти 13 лет и за это время ни разу никуда не выезжал (не считая поездок на оккупированные территории, но они и не считаются, и оттуда тоже совершенно честно не покидал остров).