может от типа пластика (пермита) зависит, но в общем случае это не так
влететь можно по одному паспорту (РФ), а податься на другой
лично так делали, вопросов не возникало, в чеклисте доков это разные пункты, просто прикладываешь к одному пункту один паспорт, к другому другой

скорее всего ситуация отличается, если влетать по entry permit
в этом случае действительно должен быть тот же паспорт, но это другая процедура, и entry permit - ее часть