ВНЖ нужно забирать по месту подачи. Депенденты подаются в Никосии, хоть и биометрию можно сдавать в Лимасоле.

Рабочие визы тоже подаются в Никосии. И карточки забирают там же.

Если у вас есть скидка 50% на налоги, то это может теоретически повлиять.
Мой бывший коллега имел месяц в статусе "безработный" именно в налоговой декларации. Ситуация почти как ваша, только в тот месяц заплатили налом.
Ему не подтвердили скидку за 22 год, сейчас подал комплейн, результат пока неясен.