У меня такая же ситуация, из личного кабинета долг исчез, что с переплатой непонятно. Бухгалтер с работы написала письмо в налоговую с вопросом про переплату, ответили что они убирают долг когда запрос попадает в очередь на обжалование, рассмотрят когда до него дойдет очередь, что ничего дополнительно делать не надо