А причём тут налоговое резиденство. Если компания с его з/п на Кипре платила налог, он обязан отчитаться на Кипре о доходах (если не налрез - то только о доходах на Кипре). При этом если налог был вычтен со скидкой, а по итогу скидки нет, то при подаче декларации придётся доплатить

Если доход не превышает налогооблагаемый минимум, то и компания налог не будет удерживать (про 2025 год сейчас речь). В текущем году, компания может остановить удержание налога, но не вернуть уже уплаченный - это потом налоговая вернет