Не так давно МВД выпустило разъяснение.
Если пропущено меньше 90 дней, то весь год засчитывается. Если больше - то не зачитывают все дни отсутствия. Раннее действительно не засчитывали только превышение над 90.

Да, года идут назад от даты подачи. Те такое же число предыдущего года, пред предыдущего и тд